教務處依元智大學組織規程設立，置教務長一人，由校長聘請教授兼任之，主持全校教務事宜；並另置副教務長一人，協助教務長督導教務處業務。本處設有註冊組、課務組、招生入學組、教學服務組及教學卓越中心等五單位，分別掌理註冊、課務、招生、教學品質、教學卓越之行政服務及其他教務事項，茲說明各組負責業務如下：
處本部：統籌及協調處內相關業務。
註冊組：學生註冊、學籍管理、成績登錄、學籍成績及畢業證書製發、各項考試招生作業等業務。
課務組：學生選課、排課協調、上課教室編排、教室借用、課程設計開發管理、期中及期末考試安排、衝堂考試及教師授課鐘點核計等業務。 教育部 大學課程資源網。
招生組：大學博覽會、校園導覽、接待各高中到校參訪、高中校友返校宣傳、安排本校教師至高中演講、聯盟高中升學輔導研討會等招生活動業務。
教服組：教學設備維護管理、學習問卷、教學評量、學生課後輔導、教學計畫書等教學品保相關業務。
教學卓越中心：頂尖大學人才培育計畫推動、教學卓越計畫推動、創意課程及活動辦理、教師教學發展與輔導、助教培訓、辦理教學研討會等業務。